Ontstopper wordt voornamelijk gebruikt om de afvoer van bijvoorbeeld wastafels, bad, douche en aanrecht te ontstoppen. Het verwijderd op een agressieve manier het vuil uit de leidingen. Daarnaast is het middel ook te gebruiken om bevroren afvoerbuizen te ontdooien.
Ontstopper behoort tot de categorie van klein chemisch afval. Het moet daarom ook gescheiden worden ingeleverd. Dit geeft dan ook aan dat het een milieubelastend middel is. Er zijn ook een aantal alternatieve ontstoppers, zoals een plopper.
Het werken met een ontstopper kan zeer gevaarlijk zijn. Het is dan ook raadzaam om eerst de gebruiksaanwijzingen op de verpakking goed te lezen voordat het middel gebruikt wordt. Ontstopper kan ernstige brandwonden verzoorzaken, het is bijtend en oxyderend.